Die stumme Elisa (Sally Hawkins), ein in die Jahre gekommenes Mauerblümchen, arbeitet als Putzfrau in einer geheimen Militäreinrichtung. Eines Tages wird ein kurioses Amphibienwesen, das irgendwo im Dschungel Südamerikas gefunden wurde, in einem stählernen Wasserbehälter ins Labor gebracht, vom Sicherheitschef Strickland (Michael Shannon), einem Kerl mit einem Kinn wie eine Rindenschälaxt, bewacht und von weissbekittelten Forschern umwuselt. Elisa, über einem Plüschkino wohnend, mit dem arbeitslosen Werbezeichner Giles (Richard Jenkins) als Nachbarn, ist von der Brutalität, mit der man das Schuppenwesen mit den grossen Reptilienaugen behandel ...