Die jungen Jesuiten Rodrigues (Andrew Garfield) und Garupe (Adam Driver) sind fassungslos: Ihr Mentor Ferreira (Liam Neeson) soll unter dem Druck rabiater Christenverfolger im Japan des Jahres 1638 dem Glauben abgeschworen haben. Die Adepten, ihrer Glaubensfestigkeit sicher, wagen deshalb die Reise ins Herz der Finsternis. Sie wollen ihren Lehrer finden und sich vom Gegenteil überzeugen. Doch bald im Griff der Shogune, werden sie von Gewissensqualen gebeutelt. Sie könnten sofort andere Gefangene vor dem Tod retten, wenn sie dem Glauben abschwörten. Wäre das Nachgeben ein Verrat an Gott? Und wo ist Gott, um die anderen zu retten, wenn man nicht nachgibt? Das Leben ist ein schlampiger Verh ...