Défaite embarrassante pour la Conférence des gouvernements cantonaux. Le CdC, qui ne dispose d'aucune légitimité constitutionnelle, voulait amener une majorité qualifiée des gouvernements cantonaux à s'opposer à la majorité des cantons pour les accords avec l'UE. Ainsi, la CdC, dirigée par les pro-UE, le conseiller d'État argovien Markus Dieth et le secrétaire général Roland Mayer, voulait faire pression sur les conseillers aux États. Si les gouvernements cantonaux se prononcent contre la majorité des cantons, les conseillers aux États doivent les suivre - cette instruction échafaudée n'a abouti à rien. Seuls 15 gouvernements cantonaux se sont prononcés contre la majorité des cantons.
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Les pro-UE ont également dû encaisser un autre coup dur très sensible lors de la consultation des cantons. Les cantons de montagne Uri, Obwald, Nidwald, Glaris, Appenzell Rhodes-Intérieures, Grisons, Tessin et le Valais ont exprimé de fortes réserves contre l'accord sur l'électricité dans le cadre de la prise de position de la CdC. L'utilisation de l'énergie hydraulique nécessite un « haut degré de sécurité juridique », avertissent les cantons de montagne. Cela est surprenant, d'autant plus que les partisans, en particulier le conseiller fédéral Ignazio Cassis, considèrent les nouveaux accords comme une garantie indispensable précisément pour cette sécurité juridique.
Les cantons de montagne insistent toutefois pour qu'il n'y ait pas d'adoption dynamique du droit dans les domaines de la politique et de la stratégie énergétiques, qui concernent la souveraineté de la Confédération comme des cantons - par exemple la détermination du prix de l'eau, l'exercice du droit de retour, l'octroi des concessions de centrales électriques. Le champ d'application de l'accord sur l'électricité ne doit pas être étendu à l'avenir. Bien plus: les cantons de montagne craignent fortement que le Conseil fédéral ne se soit laissé berner par l'UE. « C'est pourquoi le Conseil fédéral est invité à prouver de manière appropriée que son interprétation du champ d'application coïncide avec celle de l'UE. » La méfiance des cantons de montagne est fondée. Les points critiqués par eux ne sont en effet pas réglés dans l'accord sur l'électricité.
Le Conseil fédéral suppose que la Commission européenne ne fera pas valoir d'influence sur les domaines sensibles. Cependant, il existe déjà suffisamment d'exemples de l'espace UE qui indiquent plutôt le contraire. Si le Conseil fédéral avait voulu définir certains aspects, des exceptions clairement définies, des lignes rouges, n'aurait-il pas dû les préciser dans le contrat comme telles? Les cantons de montagne, en tout cas, ne font confiance ni à Bruxelles ni à Berne. Ils écrivent: « Étant donné qu'il ne peut être exclu que ces sujets fassent l'objet de discussions politiques futures entre l'UE et la Suisse, le Conseil fédéral doit expliquer plus en détail dans le message comment les intérêts de la Suisse et la souveraineté des cantons seront préservés de manière durable dans ce domaine ».