La décision du Conseil fédéral de soumettre le paquet d'accords prévu avec l'UE uniquement au référendum facultatif avec majorité populaire, et non au référendum obligatoire avec majorité des cantons – la fameuse double majorité – entraîne à Berne de vives discussions et met le gouvernement national dans une situation délicate, écrit la NZZ.
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Le Conseil fédéral justifie sa proposition en affirmant que les accords avec l'UE n'ont pas valeur constitutionnelle, rendant ainsi le référendum obligatoire inutile. Le choix concernant les accords a été basé sur la situation juridique et non pour des raisons politiques, a souligné le ministre de la Défense Martin Pfister. Cependant, le ministre des Affaires étrangères Ignazio Cassis a déclaré le contraire: le Conseil fédéral a également renoncé à la double majorité pour des raisons « politiques et tactiques ».
Contrairement à la position du Conseil fédéral, de nombreux juristes estiment que les accords ont valeur constitutionnelle. Le juriste zurichois spécialisé en droit constitutionnel et européen Andreas Glaser explique que les accords touchent à plusieurs points constitutionnels. Il critique notamment le fait que l'adoption dynamique du droit de l'UE priverait le Parlement de son droit de proposition et de toutes ses marges de manœuvre.
Glaser voit également l'indépendance garantie constitutionnellement du Tribunal fédéral remise en question par le tribunal arbitral prévu. Il estime également que l'extension de la libre circulation des personnes n'est pas compatible avec l'article constitutionnel sur l'immigration de masse.
Bien que le Parlement puisse volontairement soumettre les accords à la double majorité, le Conseil fédéral devrait maintenir sa proposition dans son message. Le débat sur la double majorité est particulièrement attendu au Conseil des États: de nombreux membres du centre et des radicaux se sont publiquement exprimés en faveur de la double majorité, ce qui rend possible une majorité pro-double majorité dans la petite chambre, contrairement au Conseil national.
Le Conseil fédéral, conclut la NZZ, pourrait avoir sous-estimé la puissance politique de la question du référendum.